Ghost in the Shell: Arise - Border 3: Ghost Tears Koukaku Kidoutai Arise: Ghost in the Shell - Border:3 Ghost Tears

To έτος 2027, έναν χρόνο μετά τον 4ο παγκόσμιο πόλεμο, στην πόλη Νιούπορτ στην Ιαπωνία, συμβαίνει ένα βομβιστικό περιστατικό με μια κινούμενη νάρκη.
Στη συνέχεια, ένας αντισυνταγματάρχης που εμπλέκεται με μια εταιρεία εμπορίας όπλων και ύποπτος για διαφθορά, δολοφονείται στο κέντρο της πόλης.
Την έρευνα για την υπόθεση αναλαμβάνει ο Τομέας 9 της Δημοσίας Ασφάλειας.
Ο επικεφαλής του, ο Αραμάκι, συναντάει την Κουσανάγκι Μότοκο που είναι από τη Μονάδα 501 του Αντισυνταγματάρχη
και η οποία είναι μια κορυφαία προγραμματίστρια στον τομέα του κυβερνοεγκλήματος και ένα πλήρες Σάιμποργκ.
Στην ιστορία θα συμμετέχουν επίσης, ο καταδρομέας Μπατού με το άγρυπνο μάτι του και ο επιθεωρητής Τόγκουσα από την αστυνομία της Νιχάμα.
Ενάντια σε μυστικούς πράκτορες, στρατιωτικές και πολιτικές συνωμοσίες, θα μπορέσουν να λύσουν την υπόθεση;