Ο Rin και οι φίλοι του επικράτησαν επιτυχώς εναντίον του Ακάθαρτου Βασιλιά μετά την αναβίωσή του στο Κιότο και επέστρεψαν στην καθημερινή τους ζωή στην Ακαδημία του Αληθινού Σταυρού. Ωστόσο, οι Ιππότες του Αληθινού Σταυρού αρχίζουν να δέχονται όλο και περισσότερες αναφορές για δαίμονες, ενώ ένα κύμα παράξενων γεγονότων αρχίζει να εξαπλώνεται σε όλο τον κόσμο. Στο μεταξύ, ο Rin και οι άλλοι Exwires προσπαθούν να λύσουν το μυστηριώδες φαινόμενο που μαστίζει τη σχολή. Καθώς όμως το Φεστιβάλ της Ακαδημίας του Αληθινού Σταυρού βρίσκεται σε πλήρη εξέλιξη, εμφανίζεται ξαφνικά ο Lucifer, ο Βασιλιάς του Φωτός και αρχιστράτηγος των Illuminati. Ο Lucifer κηρύττει πόλεμο στους Ιππότες του Αληθινού Σταυρού - για να αναστήσει τον δαιμονικό θεό Σατανά και να ενώσει ξανά το βασίλειο των ανθρώπων, την Assiah, και το βασίλειο των δαιμόνων, την Gehenna, ως ένα. Προκειμένου να το πετύχει αυτό, δηλώνει ότι ο Izumo είναι απαραίτητος για ένα συγκεκριμένο "σχέδιο".