Στην πρώτη σεζόν του B: The Beginning, δύο άντρες ήρθαν αντιμέτωποι με το παρελθόν τους κάνοντας μεγάλες θυσίες. Ο αντισυμβατικός ντεντέκτιβ Keith Flick πολέμησε με τους δαίμονές του και εν τέλει έφερε στο φως τα σκοτεινά μυστικά του Βασιλείου της Cremona. Ο Koku, το μεταλλαγμένο παιδί θαύμα τελικά επανενώθηκε με την πιο πολύτιμη ανάμνηση της κλεμμένης του παιδικής ηλικίας. Αρκετοί μήνες έχουν περάσει από τότε και ολόκληρος ο κόσμος φαίνεται πως έχει ξεχάσει την αναστάτωση που προκάλεσαν αυτά τα γεγονότα. Καθώς ο Keith επιστρέφει στη Βασιλική Αστυνομία για να διεξάγει τη δική του ερεύνα, o Koku και η Yuna προσπαθούν να απολαύσουν μια φυσιολογική ζωή εν ειρήνη. Όμως οι συνέπειες των πειραμάτων του Jaula Blanca δεν έχουν εξαφανιστεί, κάτι το οποίο ανακαλύπτει ο Koku όταν ο υποτιθέμενα νεκρός φίλος του, Kirisame εμφανίζεται ξαφνικά μπροστά του.