Στο γυμνάσιο η Mato Kuroi, γνωρίζεται με την Yomi Takanashi, την συμμαθήτρια της και γίνονται κολλητές. Παρόλο που η Mato είναι αθώα και τελείως αφελής ενώ η Yomi αντιθέτως αρκετά ώριμη, ο χρόνος που ξοδεύουν μαζί ενισχύει την όλο και αυξανόμενη φιλία τους. Καθώς όμως προχωρούν στο δεύτερο έτος τους στο σχολείο, αλλάζουν τάξεις, και έτσι αρχίζουν να απομακρύνονται η μια από την άλλη. Ταυτόχρονα, σε έναν παράλληλο κόσμο, δυο κορίτσια πολεμούν μεταξύ τους. Η μια έχει ένα φλεγόμενο γαλάζιο μάτι, (Black★Rock Shooter) και η άλλη κρατάει ένα κατάμαυρο, (Dead Master). Πώς θα καταλήξει η μάχη τους;