Η Ιαπωνία έχει κυριευτεί από τη Βρετανία και έχασε την ελευθερία, τα δικαιώματα και το όνομά της. Ονομάζεται πλέον Περιοχή 11. Ο πρωταγωνιστής είναι ένας Βρετανός μαθητής, ο Lelouch Lamperouge ο οποίος ζει μαζί με την αδελφή του Nunnally και θέλει να καταστρέψει τη Βρετανία. Μία μέρα συνάντησε ένα κορίτσι το οποίο του έδωσε το Geass. Με το Geass ο Lelouch θα αποκτήσει μία ιδιαίτερη δύναμη που θα τον βοηθήσει να υλοποιήσει τον έναν και μόνο στόχο του... Να ζήσει δηλαδή η αδελφή του ευτυχισμένη. Απέναντι του θα βρει τον Ιάπωνα φίλο του Suzaku, ο οποίος έχει πάει με το μέρος της Βρετανίας και είναι οδηγός "Nightmare", κάτι τεράστιων ρομπότ-όπλων που χρησιμοποιούν οι Βρετανοί για να πολεμούν εναντίον των Ιαπώνων επαναστατών.