Μια μαθήτρια Λυκείου η Sakurakouji Sakura καθώς ήταν μια μέρα στο λεωφορείο κοιτάζει έξω απ' το παράθυρο και βλέπει ανθρώπους να καίγονται ζωντανοί με μια κυανή φωτιά, κι ένα αγόρι της ηλικίας της να βρίσκεται σώος ανάμεσά τους. Όταν πηγαίνει στον τόπο του εγκλήματος δεν υπάρχουν πτώματα ή αποδεικτικά στοιχεία φόνου. Η Sakura πηγαίνοντας στην τάξη της, ανακαλύπτει ότι ο νέος μαθητής μεταφοράς είναι το ίδιο αγόρι που είδε την προηγούμενη ημέρα. Σύντομα ανακαλύπτει ότι είναι ο Ogami Rei, ο έκτος "Code: Breaker", ένας ειδικός δολοφόνος με μια παράξενη ικανότητα κι επίσης μέλος μιας μυστικής οργάνωσης που δουλεύει για την κυβέρνηση.