Το D.gray-man ακολουθεί τις περιπέτειες του 15χρονου Allen, του οποίου ο αριστερός βραχίονας μπορεί να μετασχηματίσει σε μια τερατώδους λεπίδα και να καταστρέψει τα Akuma, εξελίσσοντας τις μηχανές που δημιουργούνται από τον κόμη της χιλιετίας για να τον βοηθήσουν να καταστρέψει την ανθρωπότητα. Όπως διατάζεται από τον κύριο στρατηγό του Cross Marian, γίνεται εξορκιστής, άνθρωπος που μπορεί να καταστρέψει τα Akuma, για τη "μαύρη τάξη", μια οργάνωση που προσπαθεί να σταματήσει τον κόμη. Γίνεται ένα ισχυρό όπλο για τη "τάξη" επειδή μπορεί να ανιχνεύσει τα μεταμφιεσμένα Akuma με το αριστερό του μάτι. Τον στέλνουν να ανακτήσει τα κομμάτια της αθωότητας, μια ουσία που δίνει στους εξορκιστές τη δυνατότητα να καταστρέψουν τα Akuma. Ο κόμης αποφασίζει να καλέσει από κοινού την Γενιά του Noah, υπεράνθρωπους απόγονους του Νώε που μπορούν να καταστρέψουν την ουσία αυτή. Και οι δύο πλευρές αρχίζουν την αναζήτηση της καρδιάς, το ισχυρότερο κομμάτι της αθωότητας που θα βεβαιώσει τη νίκη στην πλευρά που την βρίσκει. Κατά τη διάρκεια της αναζήτησής του, ο κόμης αρχίζει να σκοτώνει τους στρατηγούς, του ισχυρότερους εξορκιστές της "τάξης". Για να τους προστατεύσει, η "τάξη" προσπαθούν να καλέσουν τους στρατηγούς πίσω στην έδρα, και ο Allen και τρεις άλλοι εξορκιστές στέλνονται στην αναζήτηση του ελλείποντος γενικού σταυρού. Κατά τη διάρκεια της αναζήτησης,o Allen και η Lenalee Lee κόντεψαν να σκοτωθούν αλλά σώθηκαν από την "αθωότητά" τους, που οδηγεί τον κόμη και τον Bookman και το μαθητευόμενο του Lavi, να εξιστορήσουν κατά γράμμα τον πόλεμο και να θεωρήσουν ότι ενάς από αυτούς κατέχει τη "μεγάλη καρδιά". Εν τo μεταξύ, η "τάξη" μαθαίνει ότι ο 14ος ο Noah πρόδωσε και σκοτώθηκε από τον κόμη, εμφύτευοντας τις αναμνήσεις του στον Allen. Οι αναμνήσεις του θα κρατήθουν μακριά από τον Allen έως ότου γίνει ο 14ος. Αυτό οδηγεί τη "τάξη" να θεωρεί ότι ο Allen μπορεί να τους προδώσει.