Στο μακρινό μέλλον, τα εδάφη έχουν καταστραφεί και η ανθρωπότητα έχει δημιουργήσει κινητές πόλεις φρούρια που λέγονται Φυτείες. Οι πιλότοι που δημιουργούνται εκεί είναι παιδιά που δεν γνωρίζουν τίποτα από τον έξω κόσμο ή την ελευθερία του ουρανού, ενώ ο μόνος σκοπός τους είναι να πολεμούν σε αποστολές. Οι εχθροί τους είναι μυστηριώδεις γιγάντιες μορφές ζωής που λέγονται Κιόριου και τα παιδιά πιλοτάρουν ρομπότ που λέγονται Franxx, για να τα πολεμούν. Για τα παιδιά, το νόημα της ύπαρξής τους, είναι να πιλοτάρουν τα Franxx. Ένα αγόρι που λέγεται Χίρο ή αλλιώς Κωδικός 016, ενώ είχε προοπτικές, έχει μείνει πίσω και δεν μπορεί να πιλοτάρει. Μια μέρα όμως, γνωρίζει μια κοπέλα που ονομάζεται Ζέρο-2 που είναι ιδιαίτερη και διαφορετική...