Ένας ισχυρότατος σεισμός πλήττει την Ιαπωνία και καταστρέφει το Τόκιο, βυθίζοντας τα τρία τέταρτα της πόλης κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας. Η ιστορία εκτυλίσσεται 10 χρόνια αργότερα με τον Igarashi Ganta, έναν φαινομενικά φυσιολογικό μαθητή γυμνασίου από την περιφέρεια Ναγκάνο. Όντας επιζών από τη μεγάλη καταστροφή στο Τόκιο, ο Ganta έχει ξεχάσει τα πάντα και ζει μια κανονική ζωή. Όλα αλλάζουν όμως, όταν ένας μυστηριώδης κόκκινος άνδρας εμφανίζεται στο σχολείο, αιωρούμενος έξω από τα παράθυρα της τάξης του που βρίσκεται στον τρίτο όροφο. Έχοντας ένα τρελό χαμόγελο, κατακρεουργεί όλη την τάξη, κι εντυπώνει στο στήθος του Ganta έναν παράξενο κόκκινο κρύσταλλο. Μέσα σε λίγες μέρες μετά τη σφαγή, ο Ganta, ως μοναδικός ύποπτος, ανακηρύσσεται ένοχος και καταδικάζεται σε θάνατο. Έπειτα μεταφέρεται σε μια φυλακή με το όνομα Deadman Wonderland, ένα ιδιωτικό "θεματικό πάρκο".