Έτος 2015. Ένα μεγάλο ποσοστό του πλυθησμού έχει σκοτωθεί από το λεγόμενο "Second Impact", την πρώτη επάφη του ανθρώπου με τους Angels. Για να αποφευχεί παρόμοιο περιστατικό έχει δημιουργηθεί ένας οργανισμός με το όνομα Nerv. Για να πετύχει τον σκοπό αυτό η Nerv δημιούργησε τα Eva Units. Το μόνο που λείπει είναι κάποιος που να μπορέσει να λειτουργήσει τα Evas. Το σκοπό αυτό θα εκπληρώσει, με απροσδόκητο τρόπο, ο μικρός Ikari Shinji κατά την διάρκεια επίσκεψης στον πατέρα του και δημιουργό της Nerv.