Ο Πέμπτος Πόλεμος του Αγίου Δισκοπότηρου στην πόλη Fuyuki έχει φτάσει σε ένα σημείο κρίσεως, όπου οι ζωές όλων των συμμετεχόντων απειλούνται, καθώς ο κρυμμένος εχθρός αποκαλύπτεται τελικά. Καθώς ο Shirou Emiya, η Rin Toosaka και η Illyasviel von Einzbern ανακαλύπτουν την αληθινή, διεφθαρμένη φύση της σκιάς που οργιάζει στην πόλη, συνειδητοποιούν πόσο άσχημη είναι η κατάσταση. Προκειμένου να προστατέψουν τους αγαπημένους τους, η ομάδα πρέπει να αντέξει απέναντι στη φαινομενικά ανυπέρβλητη εχθρική δύναμη, ακόμα κι αν κάποιοι από αυτούς τους εχθρούς ήταν κάποτε σύμμαχοί τους, ή ίσως, κάτι πιο οικείο.