Η σειρά θα ακολουθήσει την πλοκή του visual novel του Fate stay night. Σε αυτήν την ιστορία, η Rin Toshaka θα είναι η βασική χαρακτήρας της σειράς. Οι αποκαλύψεις για τον Shirou και το πεπρωμένο του θα είναι πολλές... Τα γεγονότα ξεκινούν σχεδόν από την αρχή της ζωής του Shirou, όταν έχασε τους γονείς του σε μία μεγάλη πυρκαγιά. Τότε τον έσωσε και τον υιοθέτησε ένας άντρας που ονομαζόταν Emiya Kiritsugu και αυτοαποκαλείτο μάγος. Από τις συζητήσεις που είχαν, ο Shirou μαθαίνει την αποτυχία του πατέρα του, να γίνει ένας "Ήρωας της δικαιοσύνης", κάποιος που θα μπορεί να προστατεύει τους αθώους και τους αδύναμους. Συγκινημένος από τα λόγια του πατέρα του, ο Shirou του υπόσχεται ότι θα κάνει ό,τι μπορεί για να εκπληρώσει αυτή του την επιθυμία. Για να μπορέσει να το κάνε όμως αυτό, ο Kiritsugu του μαθαίνει την τέχνη της μαγικής δημιουργίας, αλλά απ' ότι φαίνεται στη συνέχεια ο Shirou δεν έχει ιδιαίτερο ταλέντο σε αυτό. Παρόλα αυτά, μια μέρα που ο Shirou βρισκόταν σε θανάσιμο κίνδυνο καταφέρνει να επικαλεστεί κάποιον για να τον προστατεύσει.