Το Free!: Take Your Marks, που διαδραματίζεται μεταξύ των γεγονότων του Free!: Eternal Summer και του Free!: Dive to the Future, παρουσιάζει το τελευταίο καλοκαίρι των αποφοίτων μέσω τεσσάρων διαφορετικών ιστοριών, πριν ξεκινήσουν το ταξίδι τους προς το μέλλον. Το Unmei no Choice! (Destined Choice!) ακολουθεί τον Haruka Nanase και τον Makoto Tachibana στην αναζήτηση ενός νέου διαμερίσματος για τον Haruka, καθώς εγκαθίσταται στο Τόκιο. Το Hitou no Cooling Down! (Cooling Down at the Secret Hot Spring!) δείχνει τον Aiichiro Nitori να επιλέγει ένα δώρο αποφοίτησης για τον Rin Matsuoka και τον Sousuke Yamazaki, ενώ ο Momotaro Mikoshiba κερδίζει εισιτήρια για τα Anago Hot Springs. Ελπίζοντας να κάνουν ένα ταξίδι μαζί, ο Aiichiro και ο Momotaro προσκαλούν τον Rin και τον Sousuke. Στο «Kessoku no Batafurai!» (United Butterfly!), ο Rei Ryugazaki, ο Nagisa Hazuki και η Gou Matsuoka δημιουργούν ένα βίντεο προσέλκυσης νέων μελών για τον σύλλογο για το επόμενο σχολικό έτος. Στο «Tabidachi no Etanaru Buru!» (Departing Eternal Blue!), εξετάζονται τα σχέδια των ομάδων κολύμβησης Iwatobi και Samezuka για το πάρτι-έκπληξη αποχαιρετισμού του Rin, ο οποίος θα αναχωρήσει σύντομα για την Αυστραλία.