Τρεις μήνες έχουν περάσει από τότε που ο Iori Kitahara άρχισε να ζει πάνω από το Grand Blue, το κατάστημα καταδύσεων του θείου του, και έγινε μέλος του Συλλόγου Καταδύσεων του πανεπιστημίου του. Μαζί με τα άλλα μέλη, περνά τις μέρες του πίνοντας και διασκεδάζοντας απερίσκεπτα. Ωστόσο, όταν η αδελφή του Iori, Shiori, μαθαίνει για τη συμπεριφορά του, αποφασίζει να αναλάβει δράση και να τον φέρει πίσω στο σπίτι για να αναλάβει την οικογενειακή πανδοχείο. Παρά τις προσπάθειές της, η Shiori εγκαταλείπει προσωρινά την προσπάθεια όταν βλέπει πόσο ο Iori έχει δεθεί με το Grand Blue και τους φίλους του. Καθώς ο Iori και τα υπόλοιπα μέλη του Diving Club συνεχίζουν να διασκεδάζουν σαν να μην υπάρχει αύριο, καταλήγουν σε κάθε είδους παράξενες και διασκεδαστικές καταστάσεις, καταφέρνοντας όμως να βελτιώσουν τις δεξιότητές τους στην κατάδυση!