Το Guilty Crown ξεκινά με βάση το 2029 όταν διαδίδει ένας μη αναγνωρισμένος "ιός της αποκάλυψης" και βυθίζει την Ιαπωνία σε μια κατάσταση έκτακτης ανάγκης σε ένα χάος γνωστό ως "Τα χαμένα Χριστούγεννα". Ένας διεθνής οργανισμός γνωστός ως GHQ επεμβαίνει με το στρατιωτικό νόμο και αποκαθιστά την τάξη στην Ιαπωνία εξασφαλίζοντας την ανεξαρτησία του. Δέκα χρόνια μετά το 2039, ο Shu Ouma, ένας 17χρονος σπουδαστής λυκείου που μένει στο σχολείο μέχρι αργά, συναντά την Inori Yuzuriha, τη βασική τραγουδίστρια του γκουπ Egoist, την ώρα που επισκεπτόταν ένα από τα αγαπημένα του μέρη ενώ γύρναγε σπίτι. Ο Shu είναι ένας μεγάλος φαν της Inori, μιας τραγουδίστριας που μπήκε στον κόσμο του Διαδικτύου από μια θύελλα. Βέβαια, ανακαλύπτει επίσης την άλλη πλευρά της, που δείχνει ότι είναι μέλος του της ομάδας Undertaker, μιας ομάδας αντίστασης που στοχεύει να ελευθερώσει την Ιαπωνία από τον διεθνή οργανισμό GHQ. Ο Shu αρχίζει να παίρνει μέρος στις ενέργειες της Undertaker και το Σημάδι του Βασιλιά εμφανίζεται στο δεξί του χέρι. Αυτό το σημάδι του παραχωρεί τη δύναμη να διαπεράσει το σώμα κάποιου, να απόσπασει και να υλοποιήσει ένα όπλο μέσα από αυτόν. Η ιστορία συγκλονίζει καθώς πολλά ερωτήματα θέτονται μέσα σε αυτή...