Λόγω της εφήμερης φύσης τους οι περισσότεροι άνθρωποι αδυνατούν να δουν τα Mushi, παράξενα πλάσματα που βρίσκονται πολύ κοντά στην πεμπτουσία της ζωης. Ο Ginko είναι ένας Mushishi, ένας από τους λίγους ανθρώπους που έχει την δυνατότητα να τα βλέπει και κατέχει γνώσεις για αυτά τα μυστήρια είδη ζωής. Ταξιδεύει στην Ιαπωνία και βοηθά σε προβλήματα προκαλούν τα Mushi...