Οι καλύτεροι εκπαιδευτές Pokémon καλούνται για ένα πρωτότυπο τουρνουά στον πύργο κάποιου απομονωμένου νησιού. Ο μυστηριώδης οικοδεσπότης δεν είναι άλλος από το Mewtwo, ένα γενετικά κατασκευασμένο Pokémon που φιλοδοξεί να κυριαρχήσει στον κόσμο. Η συγκεκριμένη ταινία αποτελεί CGI remake της πρώτης ταινίας Pokémon που είχε κυκλοφορήσει στην Ιαπωνία το 1998 με τίτλο “Pokémon the Movie: Mewtwo Strikes Back”.