«Το 2113, το Υπουργείο Εξωτερικών της Ιαπωνίας διέλυσε τη μυστική παραστρατιωτική μονάδα του, γνωστή ως Peacebreakers. Ωστόσο, η ομάδα εξαφανίστηκε και οι δραστηριότητές της παρέμειναν ένα μυστήριο. Πέντε χρόνια αργότερα, οι Peacebreakers επανεμφανίζονται με τη δολοφονία της Milcia Stronskaya, μιας επιστήμονα που έχει στην κατοχή της άκρως απόρρητα έγγραφα, απαραίτητα για το μέλλον του Sybil, ενός συστήματος που χρησιμοποιεί η Ιαπωνία για να ανιχνεύει πιθανούς εγκληματίες στην κοινωνία. Η επικεφαλής επιθεωρήτρια του Τμήματος Εγκληματολογικών Ερευνών, Akane Tsunemori, λαμβάνει μια αναφορά για ένα περιστατικό σ' ένα ξένο πλοίο, στο οποίο δολοφονήθηκε η Milcia Stronskaya. Για να διερευνήσει το περιστατικό και να προετοιμαστεί για μια συμπλοκή εναντίον των Peacebreaker, σε συντονισμό με το Υπουργείο Εξωτερικών, η επικεφαλής του Γραφείου Δημόσιας Ασφάλειας αποφασίζει να στρατολογήσει ξανά στο σώμα τον πρώην Enforcer/Όργανο, Kogami Shinya. Έχοντας αυτομολήσει πριν από χρόνια, ο Kogami πλέον εργάζεται για το Υπουργείο Εξωτερικών, υπό τις διαταγές της Frederica Hanashiro. Η επιστροφή του Kogami δημιουργεί εντάσεις μεταξύ αυτού και των πρώην συναδέλφων του, Akane Tsunemori και Nobuchika Ginoza, αλλά πρέπει να αφήσουν πίσω τις προηγούμενες έχθρες τους για να επικεντρωθούν στη διασφάλιση της ασφάλειας του συστήματος Sybil, το οποίο διατρέχει μεγάλο κίνδυνο τόσο από τους Peacebreakers, όσο κι από μια μυστηριώδη οντότητα, ονόματι «Στρατηλάτης».