Το Sekirei μας διαδραματίζει την ιστορία του Sahasi Minato που είναι ένας πολύ έξυπνος νέος. Αλλά λόγω της αδυναμίας του να αντιμετωπίσει την πίεση, απέτυχε στις εισαγωγικές εξετάσεις του κολεγίου δύο φορές. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα να τον αποκαλούν πολλοί ηλίθιο και αποτυχημένο. Μία μερά, μετά από μία ακόμη απογοήτευση που “έδωσε” στη μητέρα του, ήρθε σε επαφή με μια κοπέλα ονόματι Musubi. Που προσπαθούσε να ξεφύγει. Η κοπέλα έτρεχε για να σωθεί αλλά τον πήρε μαζί της, και γρήγορα κατάλαβε ότι ο άγνωστος για εκείνη, Minato, ήταν ένας Ashikabi, ένα μυστηριώδες σύνολο αρχηγών που έχουν δημιουργηθεί για να γίνουν σύντροφοι με ένα από τα 108 Sekirei που αποτελείται από χαριτωμένα κορίτσια. Τα Sekirei πρέπει να κάνουν επαφή με Ashikabi για να χρησιμοποιήσουν την πλήρη δύναμή τους για να μπορέσουν να κερδίσουν στον διαγωνισμό που οργανώνει ή απειλητική εταιρεία MBI.