Τα γεγονότα που διαδραματίζονται στη σειρά λαμβάνουν χώρα το 2015 μ.Χ., δεκαπέντε χρόνια μετά το καταστραφικό Second Impact που σύμφωνα με επίσημες πηγές προκλήθηκε από πρόσκρουση μετεωρίτη στη Γη. Κατά το Second Impact αφανίστηκε ο μισός πληθυσμός της Γης καθώς και έκλινε ο άξονας της. Την περίοδο που η ανθρωπότητα επανέρχεται από αυτή την καταστροφή, το Τοkyo-3 (η τρίτη αναδόμηση της πόλης του Tokyo) δέχεται επιθέσεις από τεράστιες οντότητες που καλούνται Αngel. Τα συμβατικά όπλα δεν είναι αποτελεσματικά ενάντια στους Αngel και η μόνη γνωστή άμυνα είναι τα Evangelion ή EVA. Tα EVA είναι τεράστια ανθρωπόμορφα ρομπότ των οποίων η κατασκευή και λειτουργία ελέγχεται από τoν παραστρατιωτικό οργανισμό NERV. [Η σειρά ξεκινά σαν ένα συμβατικό anime με ανθρωπόμορφα ρομπότ, αλλά σύντομα η δράση μεταφέρεται σε χρονικές αναδρομές και αναλύσεις των προσωπικοτήτων των βασικών χαρακτήρων, όπως του Shinji Ikari και των άλλων παιδιών που πιλοτάρουν τα Evangelion. Ο δημιουργός και σκηνοθέτης Hideaki Anno, έπασχε για αρκετό καιρό από κατάθλιψη. Μεγάλο μέρος της σειράς βασίζεται στις εμπειρίες του αντιμετωπίζοντας την ασθένεια και στις γνώσεις που απέκτησε επί της ψυχοαναλυτικής θεωρίας, από την ψυχοθεραπεία στην οποία υποβλήθηκε. Ως αποτέλεσμα αυτού, μέσω των χαρακτήρων της σειράς παρουσιάζονται διάφορες πνευματικές διαταραχές και προβλήματα με τη ψυχική υγεία όπως κατάθλιψη, μετατραυματικό σοκ και αγχώδης διαταραχή του αποχωρισμού.