Η σκοτεινή, ανείπωτη ιστορία του Steins;Gate με πρωταγωνιστή τον εκκεντρικό, τρελό επιστήμονα Okabe, που προσπαθεί να συνέλθει από την αποτυχημένη προσπάθειά του να σώσει την Kurisu. Αποφασίζει να τα παρατήσει και εγκαταλείπει την ζωηρή, επιστημονική του προσωπικότητα, με σκοπό να ξεχάσει το παρελθόν. Ενώ όλα φαίνεται πως βαίνουν καλώς, απορροφάται και πάλι στο περελθόν μετά από τη συνάντηση με μια γνωστή της Kurisu, η οποία του λέει ότι πραγματοποιούν δοκιμές σε μια συσκευή η οποία αποθηκεύει τις ανθρώπινες μνήμες και δημιουργεί μια προσομοίωσή τους με τα χαρακτηριστικά και τις προσωπικότητές τους. Ο Okabe ξεκινά τις δοκιμές και ανακαλύπτει ότι η προσωμοίωση της Kurisu φέρνει αγωνία και μερικές απρόοπτες τραγωδίες.