Ακαδημιούπολη, Ιαπωνία. Το κέντρο της επιστήμης. Πέρα από το γενονός ότι είναι 30 χρόνια μπροστά σε τεχνολογία, πολλοί μαθητές σπουδάζουν εκεί και αναπτύσσουν τις πνευματικές τους δυνάμεις. Ένας από αυτούς είναι ο Touma Kamijou, ένας μαθητής λυκείου με μηδενικές πνευματικές δυνάμεις. Διαθέτει όμως μία δύναμη όπου κανένας επιστήμονας δεν μπορεί να εξηγήσει το “Imagine Breaker” που του επιτρέπει να ακυρώνει τις δυνάμεις των άλλων. Η ζωή του είναι ήσυχη μέχρι στιγμής μέχρι που γνωρίζει την περίεργη Index Librorum Prohibitorum, ένα νεαρό κορίτσι που έχει απομνημονεύσει όλα τα μαγικά βιβλία που υπάρχουν και γι’ αυτό ένας επικίνδυνος οργανισμός τους κυνηγάει. Ο Touma προσπαθεί να προστατέψει την νέα του φίλη και έτσι ξεκινάει η αρχή της ιστορίας.